C4 Alignment:
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         Query: DI3
        Target: KI537651.1:subseq(13209553,200782) Balaenoptera acutorostrata scammoni unplaced genomic scaffold scaffold22, whole genome shotgun sequence:[revcomp]
         Model: protein2genome:local
     Raw score: 1410
   Query range: 0 -> 272
  Target range: 100815 -> 99999

      1 : LeuArgSerLeuLeuLeuHisSerLeuArgLeuCysAlaGlnThrAlaSerCysLeuV :     20
          !!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          PheArgSerLeuLeuLeuHisSerLeuArgLeuCysAlaGlnThrAlaSerCysLeuV
 100815 : TTCCGCTCCCTGCTGCTTCACTCCCTGAGGCTCTGCGCCCAGACCGCCTCGTGCCTCG : 100758

     21 : alLeuPheProArgPheLeuGlyThrAlaPheMetLeuTrpLeuLeuAspPheLeuCy :     39
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          alLeuPheProArgPheLeuGlyThrAlaPheMetLeuTrpLeuLeuAspPheLeuCy
 100757 : TGCTCTTCCCGCGCTTCCTCGGCACGGCCTTCATGCTCTGGCTGCTCGACTTCTTGTG : 100701

     40 : sIleArgLysHisLeuLeuGlyArgArgArgArgGlyGlnProGlnThrGluValGlu :     58
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|||||||||||||||||||||
          sIleArgLysHisLeuLeuGlyArgArgArgArgAspGlnProGlnThrGluValGlu
 100700 : CATCCGCAAGCATTTACTGGGCCGCCGACGCCGGGATCAGCCCCAAACTGAAGTGGAG : 100644

     59 : LeuAsnSerAspGlyGluGluMetProProAspAspProProIleCysValSerAspA :     78
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          LeuAsnSerAspGlyGluGluMetProProAspAspProProIleCysValSerAspA
 100643 : CTCAACAGCGATGGCGAGGAGATGCCTCCTGACGACCCGCCTATCTGCGTGTCCGACG : 100584

     79 : spAsnArgLeuCysThrLeuAlaSerLeuArgAlaValTrpHisGlyGlnLysLeuAs :     97
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          spAsnArgLeuCysThrLeuAlaSerLeuArgAlaValTrpHisGlyGlnLysLeuAs
 100583 : ACAACCGCCTGTGCACCCTGGCGTCGCTGAGGGCGGTGTGGCACGGCCAGAAGTTGGA : 100527

     98 : pPhePheLysGlnAlaHisGluGlyGlyProAlaProAsnSerGluValValLeuPro :    116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          pPhePheLysGlnAlaHisGluGlyGlyProAlaProAsnSerGluValValLeuPro
 100526 : TTTCTTCAAGCAGGCGCACGAAGGCGGTCCGGCGCCCAATTCCGAGGTGGTCCTGCCC : 100470

    117 : AspGlyPheGlnAsnGlnHisIleLeuAspTyrAlaArgGlyAsnArgProLeuValL :    136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          AspGlyPheGlnAsnGlnHisIleLeuAspTyrAlaArgGlyAsnArgProLeuValL
 100469 : GACGGCTTCCAGAACCAGCACATCCTCGACTACGCCCGAGGAAACCGCCCGCTGGTGC : 100410

    137 : euAsnPheGlySerCysThrUnkProProPheMetAlaArgMetSerAlaPheGlnAr :    155
          ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
          euAsnPheGlySerCysThr***ProProPheMetAlaArgMetSerAlaPheGlnAr
 100409 : TCAATTTCGGCAGCTGCACCTGACCACCGTTCATGGCGCGTATGAGCGCCTTCCAGCG : 100353

    156 : gLeuValThrLysTyrGlnArgAspValAspPheLeuIleIleTyrIleGluGluAla :    174
          ||||||||||||||||!!.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          gLeuValThrLysTyrHisArgAspValAspPheLeuIleIleTyrIleGluGluAla
 100352 : CCTGGTCACCAAGTATCATCGTGACGTCGACTTCCTCATCATCTACATCGAGGAAGCG : 100296

    175 : HisProSerAspGlyTrpValThrThrAspSerProTyrSerIleProGlnHisArgS :    194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          HisProSerAspGlyTrpValThrThrAspSerProTyrSerIleProGlnHisArgS
 100295 : CACCCCTCGGACGGCTGGGTCACCACGGACTCTCCCTACAGCATCCCGCAGCACCGAA : 100236

    195 : erLeuGluAspArgValSerAlaAlaArgValLeuGlnGlnGlyAlaProGluCysSe :    213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          erLeuGluAspArgValSerAlaAlaArgValLeuGlnGlnGlyAlaProGluCysSe
 100235 : GCCTGGAGGACCGGGTCAGCGCAGCGCGGGTACTGCAGCAAGGTGCTCCCGAATGCTC : 100179

    214 : rLeuValLeuAspThrMetAlaAsnSerSerSerSerAlaTyrGlyAlaTyrPheGlu :    232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          rLeuValLeuAspThrMetAlaAsnSerSerSerSerAlaTyrGlyAlaTyrPheGlu
 100178 : TCTCGTCCTCGACACCATGGCCAACTCCAGCAGCTCCGCCTACGGCGCCTACTTCGAG : 100122

    233 : ArgLeuTyrValIleGlnSerGlyThrIleMetTyrGlnGlyGlyArgGlyProAspG :    252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          ArgLeuTyrValIleGlnSerGlyThrIleMetTyrGlnGlyGlyArgGlyProAspG
 100121 : CGCCTCTATGTCATCCAGAGTGGCACCATTATGTACCAGGGCGGCCGTGGCCCCGATG : 100062

    253 : lyTyrGlnValSerGluLeuArgThrTrpLeuGluCysTyrAspGluGlnLeuHisGl :    271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||| !!|||! !||||||||||||||
          lyTyrGlnValSerGluLeuArgThrTrpLeuGluArgTyrAlaGluGlnLeuHisGl
 100061 : GCTACCAGGTCTCCGAGCTGCGCACCTGGCTGGAGCGCTACGCTGAGCAGCTGCATGG : 100005

    272 : yPro :    272
          ||||
          yPro
 100004 : CCCT : 100000

vulgar: DI3 0 272 . KI537651.1:subseq(13209553,200782) 100815 99999 - 1410 M 272 816
# --- START OF GFF DUMP ---
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##gff-version 2
##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
##date 2014-11-19
##type DNA
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# seqname source feature start end score strand frame attributes
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KI537651.1:subseq(13209553,200782)	exonerate:protein2genome:local	gene	100000	100815	1410	-	.	gene_id 1 ; sequence DI3 ; gene_orientation .
KI537651.1:subseq(13209553,200782)	exonerate:protein2genome:local	cds	100000	100815	.	-	.	
KI537651.1:subseq(13209553,200782)	exonerate:protein2genome:local	exon	100000	100815	.	-	.	insertions 0 ; deletions 0
KI537651.1:subseq(13209553,200782)	exonerate:protein2genome:local	similarity	100000	100815	1410	-	.	alignment_id 1 ; Query DI3 ; Align 100816 1 816
# --- END OF GFF DUMP ---
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